existe sim uma forma de recuperar esses ficheiros, a mim também já me aconteceu e consegui recuera-los.
Ora se bem me recordo, primeiro tens de saber qual o ficheiro que dá erro, isso vez na janela servidores e no fundo clicas onde diz relatório, deve ter uma mensagem de erro com tal ficheiro.
Vais então á pasta onde tens instalado o emule, entras em backup, selecciona o tal ficheiro que identificas-te anteriormente e colas-o na pasta temp.
Já la vai algum tempo que fiz isto por isso espero estar correcto.
Faz tudo isto com o emule desligado, quando o voltares a ligar, o ficheiro já deve aparecer novamente na lista de downloads.